ときとして人格を変貌させる風変わりな青年柚月条太郎。条太郎は宝石店に勤める暗い過去を持つ営業マンだった。そんな条太郎がある日、店頭で不思議な魅力のある女性客に一目惚れする。彼女の名前は白石恭子。恭子はカルト集団『ヤハウェの方舟』の献身者だった。

　条太郎はまったく関係のない恭子にたいし、一方的に想いを募らせてゆく。そしてある日、ついに浄土　　　　　島に住む恭子にアプローチを試みる。
　　
　条太郎の求愛を激しく拒絶する恭子。ストーカー行為の果てに、条太郎が志したものは、世界的規模を誇るカルト集団『ヤハウェの方舟』の壊滅作戦だった。勤めていた会社を辞め、宗教と科学の統一原理の研究と著書の執筆に邁進する条太郎。その目的はしだいに遺伝子操作による全人類の救済活動へと昇華してゆく。その著書『異端の饗宴』を書き上げ、作家としてデビューを果たした条太郎は、自らの野望を達成する新宗教『新エデン教会』を創設する。そして退行催眠を専門とするセラピスト・星野瞳と出会い、自分自身の過去生を知る。条太郎が知った自分の正体とは、底知れぬ情念に駆られて幾度も輪廻転生を繰り返す『転生ストーカー』だった。

　一方、恭子の方は、父親が紹介した『ヤハウェの方舟』のある男性信者と婚約を交わす。
　丁度そのような折り、遺伝子操作を施した人間を誕生させることを目的としたアメリカの科学者グル　　　　　　ープから条太郎に誘いが持ちかけられる。そして条太郎は単身アメリカに翔ぶ。そこでの秘密の会合　　　　　　を終え、条太郎がこの計画の最初のターゲットに選んだのは、以前日本で知り合い、夭逝した、ソロモ　　　　　ン教の宣教師にして美貌の天才ピアニスト、クリストファー・Ａ・レイノルズだった。

　くしくも日本に帰国してまだ間がない頃、条太郎は、恭子の属する会衆を襲った大量放火殺人事件　　　　　　のニュースを知る。事件との関与を疑われつつも、浄土島に渡り、恭子のＤＮＡを手に入れようとする条　　　　　太郎。条太郎は恭子のほかに、生前恭子が兄のように慕っていた好青年御崎恭司をも蘇らせ、自分の　　　　子供として育てることを決意する。新エデン教会の奥義『転生の秘蹟』と呼ばれるその蘇生方法は、遺　　　　　伝子操作を施したクローンの胎児に、交霊術を用いて死者の魂を転生させ、将来、退行催眠によって　　　　　　記憶を取り戻させるという驚くべきものだった。

　新エデン教会に所属するセラピスト・星野瞳と結婚し、長野県安曇郡に移り住んだ条太郎のもとに、　　　　　長男恭司と二歳年下の長女恭子が生まれる。
　　　　　　
　恭司は幼い頃から自然に親しみつつ驚異的な知能を発揮しはじめる。ふたりはフィギュアスケーター　　　　　として共に成長し、恭司は精神現象と生命現象の解明を志す科学者として、恭子はピアニストとして、　　　　　別々の道を歩みだす。恭司は勉強の傍ら、人工知能についても興味を示し、七歳の頃、世界コンピュ　　　　　　ータ将棋選手権に東大チームの一員として参加し、見事優勝。九歳の頃にはプロ棋士の竜王戦トー　　　　　　ナメントにも優勝し、棋界の最高峰・羽生善治永世七冠に量子コンピュータで挑戦する。
　　　　
　竜王戦七番勝負・第一局はハワイ・ホノルル湾沖、豪華客船の船上。恭司はそこで量子脳理論と一　　　　　般相対性理論の世界的権威ゴードン教授と知り合う。恭司の才能に惚れ込んだゴードン教授は、恭　　　　　　司をアメリカ留学に誘う。

　その後、恭司は両親の許しを得、単身アメリカに留学し、ゴードン教授のもとで精神現象と生命現象　　　　　の本格的解明に乗り出す。

　五年後、ついに恭司は『場の量子論』における驚くべき観測事実を知る。それは定説を覆す内容のも　　　　　のであり、四十年前に多数派によって握りつぶされた観測事実だった。そしてそのことを知る物理学者　　　　　アラン・スミスの協力を得、ついに万物の究極理論『精神波量子脳理論』を完成させる。この理論は精　　　　　神現象・生命現象の枢要なメカニズムだけでなく、宇宙開闢以来の生物・非生物界の進化の謎、神秘　　　　　体験や超常現象の物理的メカニズム、そして人類の夢である常温核融合までをも説明する途方もない　　　　　ものだった。

　恭司が日本に帰国して一年が過ぎた頃、父・条太郎が十八年前に行なった生命操作が事件として発　　　　　覚。すべてを失い、責任を取るため、海外で自殺を計ろうとする条太郎。それを追う恭司・恭子・クリスト　　　　　ファーの三人。三人は最後の手段として、生きたまま霊界を旅する装置の力を借り、霊界に旅立つ。